Sant'Apollinare è situato nella bassa valle del fiume Liri. Il paese ha un’estensione di 17,02 Kmq ed è posto a 56 m. sul livello del mare. La "strada dei Santi" lo collega ai Comuni limitrofi, il più grande dei quali è Cassino. Per quanto riguarda i collegamenti autostradali, i caselli più vicini sono quelli di S.Vittore del Lazio, a 11 Km, e Cassino, a 12 Km, per mezzo dei quali sono raggiungibili, con la A1, le città di Roma e di Napoli. La stazione ferroviaria più vicina è Cassino, posta sulla linea Roma - Napoli.Suio Terme, famoso centro di stabilimenti per cure termali, è raggiungibile in venti minuti di macchina. La celebre Abbazia Benedettina di Montecassino dista 18 Km.

Il clima è di tipo mediterraneo, con piovosità autunnale e invernale, siccità estiva e temperatura non eccessivamente elevata. La vegetazione di tipo mediterraneo copre con i boschi e i prati tutto il territorio di S.Apollinare, conferendogli un aspetto ridente e insieme riposante. Oltre agli alberi da frutta, sono diffusi il pioppo, il cerro e la farmia ma sono presenti anche gli elementi tipici della macchia mediterranea come il leccio, il frassino, il carpino.
Comune collinare, S.Apollinare ha un'economia basata sulle attività agricola e commerciale. Molti gli abitanti impegnati nel settore dell'industria (FIAT di Piedimonte S.Germano) e nel Terziario.